Щит разделен на две части: в верхней, большей, в золотом поле — часть кормы галиота, на котором поставлен распущенный российский купеческий (коммерческий) флаг, в нижней части, меньшей, на голубом поле — нижняя часть кормы галиота. В левом углу — герб Вологодской области.

Герб Вытегорского муниципального района разработан на основе исторического герба г. Вытегры второй половины XVIII века. Галиот символизирует, что издавна в районе производилось «строение такого рода судов, и мещане оными торговали». Голубое поле щита символизирует обилие водной глади в районе (озера, реки). Герб Вологодской области в вольной части указывает на принадлежность Вытегорского района Вологодской области.